El protagonista, Tohno Shiki, se vi? afectado por un grave accidente en su infancia. Qued? tan malherido que se le daba ya por muerto, pero milagrosaente sobrevivi?. Sin embargo, debido a este accidente, Shiki es enviado lejos de la casa Tohno, su hogar, y es asignado a los cuidados de unos parientes lejanos de la familia. Pero Shiki ten?a un secreto. Desde el accidente, tiene la capacidad de ver unas l?neas en las cosas por las que pueden romperse f?cilmente. Si una hoja pasase por esas l?neas, las cosas podr?an ser f?cilmente cortadas. Preocupado por esta capacidad, el joven Shiki recibe unas gafas de una mujer que encuentra (a la que Shiki llama "Profesora"), que impide que pueda ver esas "l?neas de la muerte". Gracias a eso, Shiki puede llevar una vida normal hasta ahora. Y el pretend?a vivir normalmente a partir de ahora... Pero entonces, Shiki recibe una carta. El cabeza de familia de la casa Tohno, su padre, hab?a muerto. Por orden del nuevo cabeza de familia, debe volver inmediatamente a la casa Tohno. Es cuando Shiki, ahora un estudiante de instituto, vuelve a la casa Tohno cuando comienza la historia.