En 1999 cayo a la tierra una nave extraterrestre.La nave ,se descubrio que media mas de 1400m de largo y que no era una nave sino una acorazado de combate altamente sofisticado diseñado por gigantes. En vista de esto, la UN Spacy, restaura la nave y esta se encuentra lista para su vuelo inagural en 2009. Pero... extraterrestres han venido por la nave, y desencadena una guerra espacial, y el Macross se ve obligado a despegar albergando a una ciudad entera de 60000 habitantes en su interior, para preservarlos de una muerte segura.
Durante un año, la nave busca volver a la Tierra, teniendo numerosas batallas contra el ejercito zentraedi, apenas llegado macross a nuestro planeta, se le ordena que vuelva al espacio para hacer de señuelo, mientras aqui se preparan para la defensa.
Los zentraedis (que se descubre que tienen genes humanos a pesar de su 10metros de altura) se sienten atraidos por el canto de Lynn Minmay y la cultura humana, y empiezan a desertar de su ejercito. Finalmente, la flota principal zxentraedi decide aniquilar todo rastro de nuestra raza, y envia 4000000 de naves. Macross junto con aliados, resiste el combate a muerte, y aniquila la flota, pero... todos los seres humanos en la tierra fueron muertos...
Los ultimos 10 capitulos, muestran los esfuerzos de los pocos sobrevivientes que quedaron a borodo de la nave, por reconstruir nuestro planeta y repoblarlo y el desarollo completo de los vinculos amorosos entre los protagonistas.